El programa reconoce dos líneas de investigación que tienen por objetivo generar un nuevo conocimiento sobre la realidad, para a su vez, proponer y construir nuevas respuestas arquitectónicas, especialmente en el ámbito latinoamericano:

Métodos Proyectuales: se basa en la reflexión, experimentación y selección de los métodos que son necesarios para proponer un proyecto de excelencia y adecuado a un entorno y condiciones socio-culturales. Avanzando en la aplicación de tecnologias emergentes y procesos de evaluación socio-espacial. Sustentados en la reflexión didáctica y la inclusión social, la cual se complementa con: el taller de métodos proyectuales a escala doméstica y pública, fundamentos de investigación y electivos de vinculación local, construcción y tecnologías emergentes.

En esta línea investigativa convergen 4 sub líneas de investigación:
1. Lógicas Proyectuales
2. Pedagogías críticas
3. El proyecto cómo investigación (teoría del proyecto)
4. El proyecto cómo crítica (arte-arquitectura)

Vinculación con el territorio: aborda la diversidad latinoamericana y el compromiso local del proyecto arquitectónico, enfocándose, por un lado, en la sustentabilidad ambiental de la edificación. Considerando en particular la diversidad climática de Latinoamérica, su dependencia de recursos y la generación de sistemas autónomos, que reconozcan su tradición constructiva y la participación social. Por otro lado, se enfoca en el estudio del contexto cultural, identidad social, paisaje y referencia arquitectónica, con una visión de la teoría y crítica del proyecto. Esta área centra su atención en la aplicación de estrategias para desarrollar un proyecto pertinente a su condición local, que promueva la identidad y recuperación de valores patrimoniales y ambientales. Convergiendo, de esta manera, ambas aproximaciones en una vinculación ambiental y cultural del proyecto arquitectónico con el territorio.

En esta línea investigativa convergen 2 sub líneas de investigación:

1. Sustentabilidad de la edificación, aplicando principios de diseño bio-climático, eficiencia energética, fuentes renovables y bajo impacto natural para contribuir al desarrollo sostenible.
2. Contexto cultural, patrimonio, identidad social, paisaje y referencia arquitectónica, con una visión de la teoría y crítica del proyecto.

El programa considera colaboraciones y movilidad académica con profesionales del área e instituciones latinoamericanas, a través de convenios institucionales y actividades conjuntas. Los académicos del programa realizan investigación y participan en diversas redes latinoamericanas. En particular, el proyecto "ADAPTO -Adaptación al Cambio Climático en Asentamientos Informales en América Latina y el Caribe; comprendiendo y reforzando iniciativas territoriales" y “SUSTENTO - Fortalecimiento de la resiliencia de los sistemas alimentarios alternativos en asentamientos informales de América Latina y el Caribe mediante iniciativas locales en el ambiente construido” con la U. de Montreal y el Centro Internacional de Investigaciones para el Desarrollo de Canadá (IDRC), la Universidad Central Marta Abreu de las Villas (Cuba), la Universidad FLACSO de Ecuador, Universidad del Valle, la Universidad Javeriana y la ONG Corporación Antioquia Presente de Colombia. También participan en la Red Iberoamericana de Pobreza Energética (RIPEBA), con la Universidad Nacional de San Juan, Argentina; la Universidad Piloto de Colombia y la U. San Buenaventura de Cali; la Universidad de Costa Rica, La Universidad de la República del Uruguay, el CIR-UADY de México, la Universidad de Algarve y la Universidad de Sevilla de España. Además de la Red "Economía Circular como Estrategia para una Industria de Construcción más Sustentable - ECoEICo" con la Universidad de Minho, Portugal, la Universidad Federal de Espíritu Santo, Brasil y la Universidad de Costa Rica. Así mismo, se integra la Asociación de Facultades de Arquitectura del Sur (ARQUISUR), la Unión de Escuelas y Facultades de Arquitectura de Latinoamérica (UDEFAL), la Sociedad Iberoamericana de Gráfica Digital (SIGRADI), y la Asociación de Revistas Latinoamericanas de Arquitectura (ARLA).